ミノキシジルには経口薬と外用薬（外用液）の2種類があり、ミノキシジル 副作用の発生具合はさまざまです。 頭皮に直接塗布する外用薬は、かぶれやかゆみなどの頭皮トラブルが生じる可能性があります。一方、内服薬は直接体内に取り入れるため、動悸やめまいなどの副作用が出る可能性があります。
しかし、副作用自体の発生頻度は総じて低く、厚生労働省の報告されているデータによると、ミノキシジル5％配合の外用薬において、副作用発現率は3,072例中271例（8.82％）、378例とされています。また、長期間服用しても重篤な副作用はほとんどないものの、以下のような副作用が報告されています。
初期脱毛
治療開始の治療初期に起こる抜け毛の増加は「初期脱毛症」と呼ばれます。初期脱毛は、AGA治療中に多くの方が経験する副作用で、個人差はあるものの、使用開始から2～8週間程度で現れる可能性があります。
初期脱毛のメカニズムには「ヘアサイクル」が関係しています。AGAの影響により休止期になっていた毛包が治療薬により成長期にへ移行することで、古い毛髪が新しい毛髪によって押し出されるため、脱毛が起こります。 抜け毛が始まった時点で治療を中止すると効果を実感することができないため、初期脱毛が見られても継続して治療を行うようにしましょう。
皮膚炎
外用薬の使用による皮膚障害も副作用として報告されています。 症状には、搔痒感（そうようかん）、発赤（ほっせき）、落屑（らくせつ）、毛包炎、接触性皮膚炎などの症状がみられる可能性があります。発生率は高くないものの、お肌に合わないと感じた場合は、医師に相談の上、使用を続けるかどうか判断してもらいましょう。外用薬の使用を中止するように勧められた場合は、他の治療法を検討することも可能です。
動悸・息切れ
ミノキシジル経口薬により、動悸や息切れなどの副作用を引き起こす可能性があります。 また、ミノキシジルはもともと降圧剤であるため、血圧が不安定な方や心臓疾患がある方は、心機能障害や不整脈を悪化させる可能性があります。 これらはまれな副作用ですが、血圧が低い場合、降圧薬を服用している場合、または心臓に障害のある方は、ミノキシジルを服用する前に必ず医師に相談してください。